9月中旬國教署委託暨南國際大學將學校學習歷程公版模組，逐步搬移到新機房內的虛擬主機VM；十餘天後因系統更新而重新開機，其中少數VM的硬碟設定失誤，造成部分檔案無法連結。暨南大學表示，目前洪政欣教授團隊正和國教署合作，全力搶救資料，相信能將損害降到最低。
國教署表示，目前遺失的檔案範圍，限於有使用學習歷程檔案公板模組的學校中，9月5日至9月22日期間上傳109學年度第2學期資料到學校平台的學生；目前初步評估，受影響的範圍為學校81校、學生7854人、資料2萬5210件，包括課程學習成果9793件、多元表現1萬5417件，除前述以外的學校、學生及資料外，均未受影響。
國教署已要求廠商全力救援硬碟資料，目前專業技術人員持續處理中，並在24日以電子郵件逐一通知受影響學校，提醒學生登入學校平臺確認；如有資料異常，可儘速重新上傳檔案。國教署已掌握受影響的學校、學生及資料清冊，將分別提供給各校，以利學校輔導協助學生檢視及重傳資料。目前學生可上傳109學年度第2學期學習歷程檔案資料至學校平臺的時間範圍內，經學生檢查及重傳資料後，將不影響其權益。
國教署為防類似風險再次發生，將加強資訊人員每日雙人檢視備份狀況；同時再強化多重備份機制，同機房、異地，增加資料保護強韌度。
暨南大學表示，目前洪政欣教授團隊正與國教署合作，全力搶救備份資料，但這項委託案，學校與教育部簽有保密合約書，執行團隊成員也與教育部簽有保密承諾書，委託內容不能對外透露，統一由國教署對外說明，但學校有信心，一定能克服困難，解決問題。
